Il fut condisciple puis ami de Flaubert, à qui il dédia son premier ouvrage Melaenis, conte romain (1857) poème historique en cinq chants, qui décrivait les mœurs romaines sous l’empereur Commode et qui le fit remarquer. L’histoire littéraire moderne se souvient moins de Bouilhet pour ses propres écrits que pour le rôle essentiel qu’il a joué auprès de Flaubert car c'est lui qui lui mit devant les yeux le fait divers qui devait inspirer Madame Bovary qui lui fit lire chaque page du roman en gestation dont il fut le critique impitoyable mais toujours juste. Comme dramaturge il obtint un certain succès avec sa première pièce, Madame de Montarcy (1856), qui fut jouée pendant soixante-dix-huit soirées à l’Odéon ; Hélène Peyron (1858) et L’Oncle Million (1860) , La Conjuration d'Amboise (1866).